既然以上的这两种观点都有其漏洞，那么，导致崔琰被杀的真正原因又是什么呢？
三
陈寿的《三国志·崔琰传》无疑是一篇佳传，通篇对崔琰都是充满赞扬之声，而且在本传中，陈寿还明确地指出：崔琰回给杨训的信中提到的“省表，事佳耳！时乎时乎，会当有变时。”的意思是“本意讥论者好谴呵而不寻情理也”。有他的这个说法也使得崔琰从此成为了一个受害者。在本传的后半段，陈寿还特别加上了“初，太祖性忌，有所不堪者，鲁国孔融、南阳许攸、娄圭，皆以恃旧不虔见诛。而琰最为世所痛惜，至今冤之”这样的句子。似乎这一切都是曹操的错。因此，在《三国志·崔琰传》中很难找到关于崔琰被杀的其他原因。
幸好南北朝时期的裴松之为《三国志》做注。通过裴注，后人也可以透过重重迷雾，探究出崔琰被杀的真正原因：尽管崔琰“高格最优”，人品高尚，但是崔琰却不懂得理解曹操秘密立嗣时秘密咨询大臣的良苦用心，把一件原本极端机密而且曹操不愿意公开的大事昭示于天下，造成了曹操两个儿子的争嗣由私下的较力变成了公开的较量，险些影响了曹操原本通过私下、和平的方式解决立嗣问题的初衷。如此大罪，岂能不被曹操寻机杀害？！崔琰的死实在是咎由自取，怪不得别人！
曹丕、曹植，谁来继承自己的位置，曹操一直非常犹豫。时而偏向曹丕，时而又转向曹植，因此这两个儿子各自的嫡系都非常隐晦地进行着争取曹操信任的工作。这时候这两派的争斗还是比较秘密、相对平静的。但到在曹操晚年，曹操越发觉得立嗣之事刻不容缓，自己又被这两个儿子的表现迷惑了，一时分不清楚自己到底要立谁，因此，曹操采取了一个特别的方法：征求手下一些大臣的意见。据记载，曹操咨询的对象有五人：太中大夫贾诩、尚书崔琰、东曹掾邢颙、西曹掾丁仪、黄门侍郎丁廙。在这几个人中，只有崔琰采用了“露板答曰”的方式，公开表达自己的意见：他是支持曹丕的。曹操是什么态度呢？陈寿的《三国志·崔琰传》中说的是：
太祖贵其公亮，喟然叹息，迁中尉。
单看陈寿的记载，好象是曹操因此越来越欣赏崔琰了，还给崔琰加官进爵。但是，后来的学者却看出了事件的端倪。清人何焯的评论一针见血地：
时未立太子至琰以死守之。以密函下访。乃露板以答，非所以处骨肉之间。季珪之祸，实萌于此⑼。
对于这个观点，笔者深表赞同。曹操名义上是对崔琰的“公亮”行为表示支持，实际上却对崔琰泄露立嗣机密并违背自己意愿的做法很是不满。
后来，崔琰的侄女（也就是曹植的妻子）被曹操给杀了。这个记载是裴松之在《三国志·崔琰传》中“（曹）植，琰之兄女婿也”后面加上的：
《世语》曰：植妻衣绣，太祖登台见之，以违制命，还家赐死。
裴注到底意味着什么呢？历来评论不多，且多把这个事件和曹植地位的衰落联系在一起，却忽略了这个事件对崔琰的冲击。笔者认为曹操的做法有两重意思：一是借此变相向下属宣布长幼之争已经有了一个最后的结果；二是用这个方法宣泄了对崔琰的强烈不满。从此，崔琰一步一步迈向了死亡的深渊。
应该说，崔琰对自己的命运是缺乏认识和远见的。他只是凭自己的直率性格做事，却不想由此得罪了曹操，这是他的个人性格造成的，在变幻莫测的曹魏政权中，崔琰无疑是个做事的人，但绝对不是一个宦海沉浮的好材料。
正是因为如此，崔琰最后的死也显得与众不同，充分显示出崔琰性格严重缺陷的另一面，先来看看裴松之在《三国志·崔琰传》注引《魏略》中的这段记载：
太祖以为琰腹诽心谤，乃收付狱，髡刑输徒……时太祖亦以为然，遂欲杀之。乃使清公大吏往经营琰，敕吏曰：“三日期消息。”琰不悟，后数日，吏故白琰平安。公忿然曰：“崔琰必欲使孤行刀锯乎！”吏以是教告琰，琰谢吏曰：“我殊不宜，不知公意至此也！”遂自杀。