蒙古房，又称蒙古堂，有侍读学士2人，侍读2人，中书16人，贴写中书16人（以上均蒙员）。掌翻译蒙、回、藏等各种文字以及外国来文。凡遇有各藩部陈奏事件及表文，皆译出具奏。凡颂扬各藩部诰敕、碑文、匾额以及奉旨特交事件，俱由蒙古房译出缮写。并管理蒙古实录，圣训。凡外国文字，如俄国照会，即召翰林院俄罗斯馆官员至房翻译。西方各国来照，即召西洋馆官员翻译。
满票签处，有侍读3人（满员），中书22人（满20人，蒙古2人），贴写中书8人（满员）、供事4人，此外尚有委署侍读（满员）若干人。满票签处掌校阅满文本章并撰缮满文票签，皇帝出巡时，发递本报。京内外官员的奏折，经皇帝批阅，应交在京各衙门知道或办理的，由军机处交满票签处，传知各衙门钞回办理。
汉票签处，有侍读2人，中书27人（以上均汉员），供事4人。此外有委署侍读若干人。掌校阅汉文本章，撰缮汉文票签；撰拟御制文字，如制、诏、诰、敕、册文、祝文、封号等。
诰敕房，康熙十年（公元1671年）始设诰敕房，隶汉本房兼管。专司校勘和收发诰敕。凡汉票签处撰拟诰敕，由诰敕房审核，缮定正本，用宝颁发。封赠诰敕，按定式刊刻存储，凡用时交中书科填写，经诰敕房校阅颁发。
稽察房，雍正五年（公元1727年），令各部院衙门将每日事件已结、未结情由声明送内阁，于月底汇齐奏报，这时始设稽察房①。其职官由大学士于满、汉侍读、中书内派委，无定员。额设供事4人，凡交部议复事件，按日记档，俟各部院移会到时，逐一核对，分别已结、未结，每月汇奏一次，叫“月折”。每日军机处发出满、汉文谕旨，由满票签处移至稽察房存储，至月底，缮写满汉文合璧奏折汇奏，称为“汇奏谕旨”。
收发红本处，又称红本处、收本房。康熙、雍正、乾隆三朝《会典》均未见记载。《嘉庆会典》始有此名称。约成立于乾嘉年间。司员由大学士于满、汉中书内派委，无定员。凡批过的题本，交由红本处每日发给六科传钞，年终缴回汇集，贮入红本库。
饭银库，又称饭银处，其司员由大学士于满洲侍读、典籍、中书内派委，无定员。专掌收支内阁司员饭银。这种饭银由各省总督、巡抚及布政使咨送。分配办法是：大学士每日银三钱，以下官员递减，至中书每日银六分，以充飧食费用②。
副本库，约成立于乾嘉年间，《嘉庆会典》始有此名。其司员由大学士于满、汉中书内派委，无定员，掌收题本之副本。乾隆以前，每到年终收藏副本，都派汉票签处的中书送存皇史宬厢房，年久贮满，无地存收，才另设副本库。
批本处，乾隆以前称“红本房”，设于宫廷之内。其司员有满洲翰林院官1人（于翰林各职事内选用），中书7人，掌进本之收发与批本事务。每日进本，由满票签处中书送交批本处，由批本处送内奏事处进呈，待发下以后，批本处照皇帝阅定满文签，用红笔批于本面，再交满票签处中书带回内阁，遇有改签及“折本”，皆存记档案，按日交发办理。
清内阁自天聪十年（公元1636年）设内三院起，至宣统三年（公元1911年）止，掌握国政有270多年之久，但其势力不是始终如一的，是屡有演变的。初设内三院时，尚在关外，并有议政处分其权。那时只是初具规模。入关后，为加重内三院之职权，明命条陈政事或外国（对外）机密或奇特谋略，都由内三院转奏。并定内三院品级与六部同（先是低六部一级）。顺治十五年（公元1658年），正式改为内阁，只是沿袭明代官制，并不是加强内阁职权，相反却降低大学士的品级（正五品），减少了它的职官人数，其权势反而低于内三院。顺治十八年（公元1661年）再改回内三院，大学士品级又同于六部。康熙九年（公元1670年）恢复内阁，大学士兼尚书。康熙亲政后，军国机要，始终归内阁。至雍正八年（公元1730年），大学士升为正一品，在各部尚书之上（尚书为从一品），当时虽已设军机处，但任军机大臣者，除亲王外，其首领必是大学士，所以当时的大学士是勋高位极，因称内阁为“宰辅”。至乾隆二年（公元1737年），再设军机处后（军机处停设了二年），机要章奏都下到军机处。凡军国要务，都要由军机大臣承旨出政，内阁之权便轻，只是办理一些例行事务。赵翼在《檐曝杂记》中说：“军机处，地近宫廷，便于宣召。为军机大臣者，皆亲臣重臣，于是承旨出政，皆在于此矣。”《清史稿·大学士年表序》说：“雍正以后，承旨寄信有军机处。内阁宰辅，名存而已。”原来具有宰相身分的内阁大学士，成为进爵的虚衔，内阁便沦为办理例行政务、颁发文告的机关。光绪二十七年（公元1901年）八月改题为奏，内外臣工的奏章，一般都采用奏折。改题为奏后，各省督抚就不须把题奏事件的副本交通政司转送内阁了，内阁便成了“闲曹”。这时的内阁公署，仅成了储存档案之所。宣统三年（公元1911年）四月，另组西欧式的责任内阁，旧内阁废。
