济南综合保税区主要划分为口岸作业、保税加工、保税物流、贸易服务四大功能区。
口岸作业区主要承担进出口货物通关监管、场站服务、集装箱拼装转运、检验检疫等功能。
保税加工区主要承担研发、加工、制造、维修等功能，重点发展先进制造业，引入电子信息、生物医药、环保节能、光机电一体化为主导的高新技术产业和高附加值制造产业。
保税物流区主要承担VMI和DC等保税仓储和物流增值服务等功能，重点发展第三方和第四方物流业务，开展服务生产制造企业的VMI（供应商管理库存）业务、零库存业务和服务周边加工贸易企业的深加工结转业务，延伸物流供应链。
贸易服务区主要承担发展服务外包产业以及为海关、商检、税务、外管、金融等机构提供一站式服务功能。口岸作业区与保税加工、保税物流区域间建设专用封闭通道连接，实现“物理连接”和“全封闭管理”，将重点开展产品研发设计、产品检测测试、售后维修、展示展览、货物贸易、交易结算、物流金融、设备租赁、信息服务等，延伸产业价值链