1.污染环境严重。秸秆灰随风飘零，乌烟瘴气。而且秸秆焚烧会产生大量 ， 等有毒气体和可吸入颗粒物，危害居民身体健康，轻则影响口鼻、眼睛，重则导致呼吸道疾病。
2.交通受阻严重。露天秸秆焚烧会产生滚滚浓烟，严重影响到交通安全，名航、高速公路，铁路都会受到直接影响。急剧下降的大气可见度会加大交通事故的几率，造成安全隐患。
3.火灾隐患增加。近年来，秸秆露天焚烧导致火灾事故频频发生。据相关资料报道，全国每年因燃烧秸秆造成直接经济损失达几十亿元之多。消防部门在麦秋收期间，每天都要接到十几个火警电话，致使消防人员疲于应付，劳民伤财。
4.土壤肥力减少。秸秆焚烧会使地面温度急剧升高，能直接烧死烫死土壤中的微生物，影响作物对土壤中营养物质的吸收。秸秆焚烧，破坏土壤生态平衡，导致土壤有机质下降，破坏土壤结构，地力下降，降低抗御自然灾害的能力。
5.资源浪费严重。秸秆是一种宝贵的资源，它是除煤、石油、天然气之外的第四能源。它既可用于畜牧养殖业，也可用来造纸、发电、建筑等。如果有效开发利用，小麦秸秆就是宝，具有较高的经济价值。如果将秸秆付之一炬，就是一种极大的浪费。
6.营养物质流失。焚烧秸秆的最大祸害在于秸秆中的有机物质和营素养分在焚烧过程中几乎丧失殆尽，只留下一些磷素和钾素，而磷素多呈不溶解状态，难被作物吸收。由此造成的地力下降将会给农业的持续发展带来影响。