清顺治十二年(1655年),知县汪丽日在衙署内东侧增修钟楼一座。清乾隆十九年(1754年),在县署内东侧空地又修建侯庙,包括正殿、前殿各三间,戏台一座。清乾隆五十六年(1791年),维修县署内东侧的关帝、观音、火神祠,将原址的三问正殿扩修至五间,祠西侧增修壮班正班房三间。清嘉庆六年(1801年),在壮班房前增修影壁一座,在关帝、观音、火神祠前重修乐楼三间。清道光七年(1827年),重修关帝、观音、火神祠内院东西配房,外院增修壮班西班房三问,厨房一间。清光绪五年(1879年),知县恩端整修县衙东花厅。清光绪七年(1881年),知县锡良整修二堂、耳房及东西门子房,同时整修宅门东西耳房及花厅院南房、东房,其余各处有毁坏者都予以修葺。有清一代的县衙修缮建制至此结束。民国元年(1912年),平遥县衙改称县公署,知县改称县知事,至民国37年(1948年)下属组织机构多次更迭,古建筑长期失修。