二战爆发期间，玛格丽特和姐姐住在Birkhall的巴尔莫勒尔堡，他们在那里一直住到1939年的圣诞节。那里的夜晚相当寒冷以至于她们床头玻璃瓶中的饮用水都冻住了。他们在桑德林汉姆宫度过了圣诞节，之后就搬去了伦敦城外的温莎城堡，他们度过余下战争时光的地方。 许琛勋爵Lord Hailsham写信给首相建议将公主们送到更安全的加拿大避难，但伊丽莎白王后回答道：“ 孩子们不能在没有我的情况下离开，我不能在没有国王的情况下离开，而国王不能在任何情况下离开。”战争期间，玛格丽特不像其他王室成员一需要履行任何公众或官方的王室职责。她在这期间努力地提高自己的歌唱和钢琴技能。她的同龄人认为他被她的父母宠坏了，尤其是她的父亲，他甚至任由她做一些通常不允许的放肆行为，例如在13岁她都可以用餐迟到很久。马里昂 克劳福德Marion Crawford对于玛格丽特所引起众人的注意力感到绝望，她这样对朋友写道：“你今年能不能只邀请伊丽莎白公主去你的派对？···玛格丽特公主总是能提起所有人的注意力而且伊丽莎白公主放任她这么做。” 但无论如何，伊丽莎白并不介意这些，她说道：“哦，有玛格丽特在的地方气氛总是更轻松—每个人都会被玛格丽特的话逗笑。” 乔治国王将伊丽莎白形容为他的骄傲，而玛格丽特则是他的快乐源泉。

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1945年战争结束后，玛格丽特偕同她的家人及首相温斯顿.丘吉尔出现在白金汉宫的阳台上。后来，伊丽莎白和玛格丽特都匿名加入了宫殿外的人群们，一起呐喊着：“我们需要国王！我们需要王后！”（"we want the King, we want the Queen!"）1947年2月1日，玛格丽特、伊丽莎白和她的父母开始了他们他们去往南非的一次旅游。这三个月的旅程是玛格丽特第一次的出国经历，后来玛格丽特声称她记得这次外出的每一分钟。当时玛格丽特由国王的侍从彼得.汤森陪伴。那年晚些时候，玛格丽特在伊丽莎白的婚礼上成为了她的伴娘。后来的三年里，伊丽莎白有了两个孩子：查尔斯和安妮，这使玛格丽特的顺位继承权更加的靠后了。