在1689年4月11日，伦敦主教亨利·康普顿在西敏寺为威廉和玛丽共同加冕。按以往的惯例来说，为他们加冕的应该是坎特伯里大主教，然而，虽为圣公宗教徒的时任大主教威廉·萨克罗夫特却拒不承认废黜詹姆斯二世及七世是有效的。[50]威廉和玛丽都不喜欢这场加冕礼；玛丽认为这“非常奢侈”，威廉则贬称它为“天主教式的”。[51]就在同一天，同英国国会相比意见分裂的多的——苏格兰议会——终于宣布詹姆斯不再是苏格兰国王，并宣布"没有天主教徒能在这个王国里做国王或女王"，威廉和玛丽将为共治君主，以及威廉将行使唯一且全面的最高权力。在4月11日，威廉和玛丽正式接受了苏格兰王冠。

甚至到了苏格兰议会正式宣布威廉和玛丽为国王和女王之后，詹姆斯在苏格兰仍有大量的支持者。詹姆斯的忠实支持者邓迪子爵在苏格兰高地起兵叛乱，7月27日，他率领的叛军在基利克兰基大败英军，让英军输的心服口服。然而，邓迪叛军因这场战争损失惨重，再加上邓迪子爵却在这场战役一开始就受了致命伤死去，给威廉消除了仅有的有力抵抗，叛军很快在下个月的邓凯尔德战役被击溃。

威廉和玛丽

1689年12月, 议会通过了英国历史上其中一个最重要的宪法性文件——权利法案。这个措施重申并确认了几个早前的权利宣言——建立了限制王权的制度；它公开声明，凡未经议会同意，禁止以国王的权威暂停议会通过的法律，未经议会同意不得征税，禁止侵犯申诉权，在和平时期未经议会同意不得征募常备军，不可否认新教徒合法备置武器的权利，不得过度干涉议会选举，禁止因辩论中的某些发言而惩罚议会中的任何议员，不得要求过多的保释金或者造成残酷或不寻常的惩罚。权利法案还确定了王位的继承。威廉三世或玛丽二世其中一人逝世后，另一人继续统治。按照顺序，继承人将是这对夫妻的任何一个孩子，紧接其后的是玛丽的妹妹安妮和她的孩子，最后的则是威廉假若再娶所生的孩子。

1693年，玛丽颁发皇家宪章给北美维吉尼亚州的威廉与玛丽学院，成为北美十三州的第二个大学；[79]她也支持圣公会牧师托马斯·布雷（1698年创立促进基督知识团）在北美宣教，并协助格林威治医院的成立，好让那些在拉和岬海战（1692年）的伤兵与船员获得照料。[80]她在黑卢宫与汉普顿宫的花园设计上广受好评，并且让青花瓷与饲养金鱼成为流行。

詹姆斯党宣传玛丽是一个只顾自己与丈夫利益的不孝女，因此冷血无情地推翻了她的父亲。[82]在两夫妻初期统治的时候，玛丽经常被认为受到丈夫完全的操控；等到威廉离英作战而她必须独自统治时，开始被肯定为有能力而且自信的君王。1692年桂冠诗人纳亨·泰特《给女士的礼物》把她比拟为“贤明女王”伊丽莎白一世。[83]她的端庄稳重和内向羞怯，也在文学作品中被赞扬，像是1691年威廉·瓦许的《关于女性的一段对话》（A Dialogue Concerning Women ），就把她比喻为罗马共和的英雄辛辛纳图斯（临危受命的罗马将军，在获得伟大胜利之后却毅然放弃无上权力，回家务农）。

在玛丽过世的前一周，她处理掉所有的私人文件，因此烧掉了一些档案，但是她的日记、写给威廉与弗兰西丝·阿斯普利（早年的手帕交）的信却留下来了。[85]虽然詹姆斯党谴责她，但是对她的人格评价仍然流传下来，大多数的人民，把她看作是一个忠实顺服的好妻子：虽然在不情愿之下掌控至高权力，却拥有相当的能力，在必要时良好地行使大权，然后心甘情愿地转让权力给丈夫。