发音细节

日语的“う”，在东京方言中比起英语等语言中[u]这样的圆唇后元音更接近央元音，随之圆唇性减弱，成为既不是央元音也不是圆唇而是居于两者之间，或是比其更略稍向前突出的发音[33]。这符合在唇与舌联动时，前元音不圆唇、后元音圆唇、央元音处于两者之间（不过现行IPA表记还是作为不圆唇处理）的规律[34]。但是“う”在元音融合等场合，音韵上还是做为闭后圆唇元音处理[35]。

为了强调圆唇性之弱，可以像以上那样使用[ɯ][36]，但是这个符号本来是既像i那样完全不圆唇、又像u那样的闭后元音，和圆唇性虽然衰退但还略有残存、比起后元音略微靠前的日语“う”音还是不完全相同。日本语的/u/是用压缩嘴唇发音，所以有时候也标记为 [ɯᵝ]. 此外此类元音由于不符合唇与舌联动的规律，因此极少出现在元音少于5个的语言里。“う”在圆唇后的发音更接近完整的圆唇元音。另外，西日本方言的“う”发音和东京方言相比，舌的部位更深，唇更圆，更接近[u]。

音韵学中存在像「コーヒー」「ひいひい」中的“ー”或「あ行」假名那样、表示长音的单位（音位为记R）。这是基于“将之前的元音单独发一拍”这种发音方法所产生的独立的特殊音拍[37]。有许多词，例如「鸟」（トリ）和「通り」（トーリ），是否有长音构成了意义的不同。但是，长音作为声音没有固定的音值，而是相当于长元音[aː iː ɯː eː oː]的后半部分。

文字写作「えい」「おう」的，通常读法和「ええ」「おお」一样，都是长元音[eː] [oː]（“けい”“こう”等开头加入了辅音的也是如此）。亦即，「卫星」「応答」发音发作「エーセー」「オートー」。然而，在九州，四国南部、西部，纪伊半岛南部等地有人把“えい”念作ei[38]。此外像表示软骨鱼的エイ这样的词，依词汇不同有的可以发作双元音，但也有人不这么做。当一拍一拍地仔细地发音的时候，很多人会把“エイ”发作ei。在歌词中唱作2拍时，“い”的发音基本上都会清楚地发出来（例如：「永远に」→「えーいーえーんーにー」）。

处于单词末尾或处于清辅音之间的“イ”或“ウ”等闭元音往往会清化。例如“です”“ます”等尾音会清化发为[desɯ̥] [masɯ̥]，听起来会像[des] [mas]。「菊」「力」「深い」「放つ」「秋」可以分别发作[kʲi̥kɯ] [ʨi̥kaɾa] [ɸɯ̥kai] [hanaʦɯ̥] [akʲi̥]。但是作为声调核的音拍难以清化。不同的人清化的情况各不相同，说话环境、语素、认真程度的不同对是否清化也有影响。此外不同方言的差别也很大，比如近畿方言几乎不会发生清化。
“ん”前的元音倾向于鼻音化。此外，元音前的“ん”因前后的元音成为近似于鼻元音的发音。

辅音
辅音方面，音韵学上可以区分的有清音－“か・さ・た・な・は・ま・や・ら・わ行”的辅音、浊音－“が・ざ・だ・ば行”的辅音、半浊音－“ぱ行”的辅音。音位按以下方式记录。至于ワ行和ヤ行音节开头的辅音，也有人解释为音位u和音位i随其在音节内位置的不同发生的变音。特殊音拍的「ん」和「っ」，有人认为是音韵上独立的音位，也有人认为「ん」是ナ行音节开头的辅音n随其在音节位置的变化发生的变音，而「っ」不过是二重辅音化的结果，不是音韵上独立的音位。

k, s, t, h（清音）
ɡ, z, d, b（浊音）
p（半浊音）
n, m, r
j, w（亦称作半元音）
另一方面，语音学上，辅音体系显得更为复杂。主要使用的辅音如下（省略了后面提到的颚音化音）：

双唇音齿龈音卷舌音龈腭音硬颚音软颚音小舌音声门音
塞音pbtdkɡ
鼻音mnŋɴ
闪音ɾɽ
擦音ɸszɕʑçh
近音jɰ
塞擦音ʦʣʨʥ

清辅音か行 た行　ぱ行　在出现词首时需发送气 [kʰ] [tʰ] [pʰ]，出现在词中和词尾时，不送气。 对于发音中的绝大多数辅音，“か行”为k、“さ行”为 s（也有一些地方的人发作[θ][38]）、“た行”为 t、“な行”为 n、“は行”为 h、“ま行”为 m、“や行”为 j、“だ行”为 d、“ば行”为 b、“ぱ行”为 p 。
“ら行”的辅音在词首类似 [d] ，是比它更为宽松的塞音[39]。也有人发作类似英语 [l] 的音。虽缺乏适当的国际音标表示，不过也有人用浊卷舌塞音 [ɖ] 来代替[40]。此外，在诸如“あらっ？”这样出现在词中词尾的时候，也有弹舌头变为 [ɾ] 或者 [ɽ] 的，例如吊带袜天使中恶魔姐妹说“ルール”这个词的发音。部分日剧中还会出现齿龈颤音的念法。

标准日本语（共通语）以及标准日本语语音所依照的东京方言的发音中，“わ行”的辅音和上面列举的“う”具有共通的基本性质，为气息通道略狭的近音。因此，虽说在“处于对应[u]的近音[w]和对应[ɯ]的近音[ɰ]中间、或者是微圆唇”这一点上可以说是略微接近[w]，但是主要发音部位在软腭（后元音的舌的位置）略前的地方，可以说是稍稍使用；双唇发音的二重发音的近音[41]。因此，五十音图排列中把わ行算作唇音。在本条目中，如无特殊需要，记作 [w] 。外来语的「ウィ」「ウェ」「ウォ」用的也是这个发音，但有很多人会发作两拍的「ウイ」「ウエ」「ウオ」

“が行”辅音在词首发作塞音 [ɡ] ，词中一般用鼻音 [ŋ]（“が行”鼻音、所谓的鼻浊音）。现在，发作 [ŋ] 的日语使用者在减少，转而使用和词首相同的塞音或者使用擦音 [ɣ] 的人在增多。
“ざ行”的辅音处于词首或者“ん”之后时，发作塞擦音（塞音和擦音组合成的 [ʣ] 之类的音），词中多用擦音（z 等）。也有人总使用赛擦音，但这样的音在“手术（しゅじゅつ）”之类的词中难以发音，因而多为擦音。此外，“だ行”的「ぢ」「づ」，除部分方言外，发音和“ざ行”的「じ」「ず」相同。

在元音“い”之前的辅音呈现出独特的音色。某些辅音发生前舌面接近硬腭的腭音化。例如，“か行”一般为 k ，唯独き使用 [kʲ]。腭音化的辅音后接“a”“u”“o”的时候，在き后加上「ゃ」「ゅ」「ょ」表记成类似于「きゃ」「きゅ」「きょ」、「みゃ」「みゅ」「みょ」这样的形式。后接“e”的时候加上「ぇ」表记为「きぇ」，但是这个音节只在外来语中使用。
“さ行”“ざ行”“た行”“は行”的“い段”音的元音也很独特，但发生的不只是腭音化，发音位置还移动到硬腭了。“し”“ち”的辅音为 [ɕ] [ʨ] 。外来语中的“スィ”“ティ”的辅音是腭音化的 [sʲ] [tʲ] 。“じ”“ぢ”，在词首和“ん”之后是 [ʥ]，在词中是 [ʑ]。外来语中的“ディ”“ズィ”的辅音是腭音化了的 [dʲ] [ʣʲ] 以及 [zʲ] 。“ひ”的辅音是硬腭音 [ç] 而非 [h]。

此外，“に”的辅音多发为腭音化的 [nʲ] ，也有人发作硬腭鼻音 [ɲ] 。同样地，“り”也有人发作硬腭闪音的，“ち”也有发作清硬颚塞音 [c] 的。
此外，“は行”中只有“ふ”的辅音发作清双唇擦音 [ɸ] ，这是“は行”辅音经历了 [p → ɸ → h] 的变化所留下的残留。由于“は行”在奈良时代发作p，在平安时代发作[ɸ]的缘故，五十音图才把它归类为双唇音，这是一个历史遗留现象。外来语中有人发 f 的音。由于“现代日语在“っ”的后面以及汉语词中“ん”的后面接续“は行”发音的时候“は行”都会变为“パ行”（p）的发音，出现连浊的时候也是变为“バ行”（b），而不是浊喉擦音[ɦ]”；因此可以说明““は行”的音位就不是h而是p，按擦音化规则除上述“ふ”的场合以外都变为了h”。即使是现代日语，如果把词汇限定在和语词和近代以前的汉语词的话（不是源自“は行”的“パ行”都是近代开始才产生的），上述规则都是成立的。这虽违反现代日语使用者的直觉，却能更合理地、成体系地表达“バ行”的连浊和「っ」「ん」后的“は行”发音的变化

此外，“た行”在词首时发送气的[tʰ],在词中和词尾时发不送气的 [t] ，つ”的辅音是 [ʦ] 。在这个辅音后续元音a、e、i、o的时候（主要是外来语中），则添加小字假名「ァ」「ィ」「ェ」「ォ」记作「ファ」「ツァ」（「ツァ」在「おとっつぁん」「ごっつぁん」等和语词中有使用）。「フィ」「ツィ」辅音腭音化。但“ツィ”多写成念成“チ”等等。「トゥ」「ドゥ」（[tɯᵝ] [dɯᵝ]）等音节，在外来语词中想要尽量接近原音的时候有人会使用。