1、品种选择
有机稻米种植要求使用有机种子，在得不到认证的有机种子情况下(有机稻米生产的初级阶段)可使用未经禁用物质处理的正常种子。无论是有机种子还是常规种子必须选择适合当地土壤和气候特点对病虫害抗性强的优质品种。禁止使用任何转基因种子。
2、转换期
有机稻米生产必须经过转换期，老稻田转换期不少于24个月，新开荒或撂荒多年的稻田地也要经过至少12个月的转换期才可进入有机稻米生产。转换期间不允许使用任何化学合成的化肥、农药、植物生长调节剂等物质。
3、土壤培肥
有机稻米的施肥原则是：禁止使用一切人工合成化肥、植物生长调节剂和污水、污泥。必须创造农业生态系统良性养分循环条件，开发利用本地有机肥源，合理循环使用有机物质(经无害化处理)和商品有机肥、饼粕等，也可有限制地使用磷矿粉、褐煤、泥炭、风化煤作为辅助肥料。
有机肥：指大量动植物残体、排泄物等并经处理达到无害化。商品有机肥：指动植物残体、排泄物，不含添加剂、防腐剂的工业有机物、副产品加工制成的肥料。
4、病虫草害防治
采用农业自然手段对稻田的生态环境进行适当的管理，如：选用抗病品种、培肥土壤、人工除草等措施，行之有效地控制减少病虫草的危害，是有机稻米生产中对有害生物进行综合防治的基础。
虫害：人工捕杀和用植物性杀虫剂，允许在诱捕器中使用性诱剂。
病害：除选择抗病品种、加强田间管理外，允许有限制地使用石灰、波尔多液及其它含硫或含铜物质防治病害。
草害：采用人工除草和机械除草或采用秸秆覆盖除草。