为了反击沙俄对黑龙江的入侵，加强对黑龙江地区各民族的管理，康熙二十二年，清朝Government调派宁古塔副都统萨布素率宁古塔、吉林乌喇等处八旗兵在黑龙江“建城永戍”。同年十月二十五日，康熙皇帝根据兵部提名，补授萨布素为镇守瑷珲等处将军，礼部侍郎温岱为左翼副都统，给事中雅齐纳为右翼副都统。镇守瑷珲等处将军即后来的黑龙江将军。黑龙江将军设立后，清朝Government将原宁古塔将军管辖的亨滚河上源支流哈达乌喇河、黑龙江北岸的毕占河以及东流松花江等河流以西的地方划归黑龙江将军管辖。这样，外兴安岭以南黑龙江中上游的广大地区由黑龙江将军管辖，黑龙江下游和乌苏里江以东地区，包括库页岛在内由宁古塔将军管辖。宁古塔将军和黑龙江将军分别成为黑龙江东西部地区驻防八旗的最高长官。黑龙江将军最初驻黑龙江左岸的旧瑷珲城(今俄罗斯境内的维芙勒伊村)，康熙二十四年移驻黑龙江右岸的新瑷珲城(今黑龙江省黑河市瑷珲镇)，康熙二十九年移驻墨尔根城(今黑龙江省嫩江县)，康熙三十八年最终移驻齐齐哈尔城。黑龙江将军是黑龙江驻防八旗的最高军政长官。将军之下设黑龙江(瑷珲)副都统、墨尔根副都统、齐齐哈尔副都统及城守尉等，分镇各城，以佐将军之治。宁古塔将军和黑龙江将军的设立。使黑龙江地区的驻防八旗指挥体系逐步得到确立和完善，为黑龙江驻防八旗制度的形成奠定了基础。