新疆龟兹研究院（新疆龟兹石窟研究所）成立于1985年，系自治区文化厅、文物局直属文博事业单位，其主要工作职能是对古龟兹地区（阿克苏地区库车、拜城、新和等县）已发现的佛教石窟进行科学的保护、管理和研究。研究院目前负责保护和管理的石窟群共有9处，皆为全国重点文物保护单位，其中：拜城县3处，即克孜尔石窟、台台尔石窟、温巴什石窟；库车县5处，即库木吐喇石窟、克孜尔尕哈石窟、森木塞姆石窟、玛扎伯哈石窟、阿艾石窟；新和县1处，即托乎克拉艾肯石窟。