小麦纹枯病的药剂防治应以种子处理为重点，重病田要辅以早春田间接力喷药，可采两种防治模式，有效控制该病为害。
（1）对于种植感病品种和早播发病重的麦田，秋播时用粉锈宁拌种，用药量为干种重量的0.1%～0.15%，因拌种后会影响发芽率，每50公斤种子加进75毫升赤霉素，起到逆转的作用，也可以加进增产菌10克混配拌种，可有效地控制纹枯病的发生并能兼治其它土传病害和苗期锈病、白粉病。如据天气预报春季雨水多，纹枯病有大发生的趋势，对于重病田，可在小麦起身期喷一次井岗霉素。
（2）对于晚播未拌种的麦田，如果田间病株率为10%或病情指数达2～3级时，在小麦起身期，每亩用井岗霉素8～10克，兑水50～60千克，喷麦苗基部，7天后再喷第二次。孕穗期每亩用粉锈宁10～15克兑水120千克喷雾。如果病虫同时发生可采用与防治麦蚜、粘虫的农药混用，便可达到兼治的目的。
如果纹枯病在秋苗期发生早且重，暖冬年或春季气温偏高，雨水偏多，病害有可能大发生时，防治指标应从来掌握，防治时间应适当提前。