背景：距离上次纽约之役，已早早过了一年，世界早已恢复了安宁，城市也早已重新建设。然而，在那些政客，军方的眼里，那场战斗影响仍然如昨日一般。无数的超能力者、变种人和外星人在这次大战展现出了超凡的力量，人类在它们的面前是如此的渺小……
忌惮的种子早已埋下，只差一次触发！
以万磁王为首的激进派变种人向总统发起了刺杀行动。虽然未能成功，但也激起了政府对超能力者的打压！美国总统下令，为了人民的安全，要求所有的变种人都因被送进指定的看护所（监狱）进行统一的监管保护。并出台一系列关于对超能力者的监管政策……
世界性的对变种人的，乃至是对所有超能力者的抓捕处置行动开始。军方趁夜攻占并摧毁了泽维尔学院，抓捕了大多数学生，x教授也被捕获。其他少部分的学生在x战警们的帮助下得以逃生……
混乱的世界才刚刚开始！
支线1（x战警）：学院被毁，x战警们不得不保护着学生四处逃亡，同时还得想办法从政府手中解救那些可怜的变种人。最重要的是解决这场危机！
支线2（复仇者）：政府下令，让复仇者们帮助政府军捉弄变种人以及各种超级罪犯（主要变种人），并要求不日将复仇者联盟划归为政府机构，由政府掌管。且要求所有的超能力者必须加入政府组织的部门，由政府监管才可继续使用超能力，否则将视为潜在的超能力罪犯，予以抓捕！对于政府的要求，联盟的内部开始慢慢出现矛盾与分歧……
支线3（反派1）：这一切真的只是政治需求？不！我们的总统早已是恶人的傀儡。他（她）们操纵了政府。一面挑起变种人与普通人的矛盾，另一面则试题让x战警，复仇者等各类英雄自相残杀！而她（他）们自己，则也在不停的准备，坐收渔翁之利。
支线4（反派2）：每个阴谋的背后都有一个大boss！灭霸，他回来了！带着他的手下们卷土重来！这一切不过是他在背后安排的一场戏，历经这么长时间的努力，这次，他不会留情的！
支线5（特别支线）：一场大棋局正在演绎，不过无数人的命运——也许只是一些神明手中的棋局……未知的命运之神，留下了一样东西，它和他所留下的东西，究竟是将解决这场纷争，还是推波助澜呢？
政府提出的要求大致是以下内容：
1.对所有的变种人与其他超能力者进行缉拿，监压日后在视情况处理。其中的特别人群特别处理。
2.所有已存的超级英雄联盟，需全部收纳为政府机构，由联合国，各国政府、首脑统一管理负责。如该组织或其部分成员不接受，则该组织或该成员将解除或剥夺超级英雄身份，且其的一切非正常行动将视为非法。
3.所有的为加入特殊组织的超能力者，如能接受各政府的收纳，听命于联合国。则允许继续使用超能力，且超级罪犯也能视情况给其保释或将其之前的罪行进行减罪。
（不啦不啦的以此类推的差不多的~）