“自律神经是自动起作用的，不受大脑管制。”虽然自律神经不需要经过大脑下达指令，就会自动产生作用，但是，它同时也接受大脑中的皮质、边缘组织以及下视丘等部位的协调，与大脑还是有某种程度的关联性。现在，我们就通过看图说故事的方式，先针对大脑构造来做个初步的了解吧！脑部包含4个部分，分别是大脑、小脑、间脑和脑干。
从上图我们可以清楚地看到这4个部分。其中，大脑有新皮质和旧皮质；间脑包含了视丘及下视丘；脑干包含了中脑、脑桥与延脑。通过下页的脑部构造功能表，有助于我们了解各个构造的功能与作用。
自律神经的作用和大脑新皮质、大脑旧皮质、下视丘，有着直接或间接的关联。大脑新皮质又名“大脑新皮质层”，是脑部CEO，统筹抽象思维的理性与逻辑思考，对于外界的刺激，会作出理性或知性的反应，负责掌管语言、计算、学习、知觉等层面的活动，我们可以称它为“理性脑”。
大脑旧皮质称为“大脑边缘层”，在人类脑部演化过程当中，大脑边缘层比大脑新皮质层更早形成，大脑边缘层对接外界的刺激反应是直接的，它和食欲、性欲等人性本能相关，掌管愤怒、快乐、悲伤等感情层面的活动，因此也称为“感性脑”。
大脑新皮质层和大脑边缘层，与自律神经作用有间接关系，“下视丘”则是自律神经的上司，直接支配自律神经的作用，与自律神经有直接关系。它自律神经有直接关系。它通过控制自律神经以及释放激素，来掌控快乐、愤怒或恐惧等各种情绪反应。
接下来我们举个例子，看看大脑皮质层、大脑边缘层和下视丘是如何与自律神经发生关连的。
一天风和日历，你悠闲地在繁华热闹的街区闲逛。经过一栋正在施工的大楼时，突然间“哐啷！哐啷！”墙上的瓷砖竟然掉落在距离你仅有两步远的前方，你的大脑新皮质层告诉你：“这里不安全，快逃离！”于是你三步并作两步，赶紧离开这个危险区域。你是安全了，不过刚才发生的事，实在惊险刺激，你的大脑边缘层接收到外部强烈的刺激，感受到了惊恐，于是发出指令给下视丘，告诉它这感受，下视丘接收到指令，就让交感神经活跃起来，所以你冒出一身冷汗，脸色也微微地发白。
自律神经受下视丘的支配，下视丘接收大脑边缘层的指令，大脑边缘层又受到大脑新皮质层的支配，三者就像这样的关连中产生关系。情绪反应会影响自律神经作用，原因就在这里。