在中国以及世界各地的制作方式和食用方式均存在地区上的差异，其味道也差异甚大，但具有“闻起来臭、吃起来香”的特点。南京、长沙的臭豆腐干相当闻名，台湾、浙江、上海、北京、武汉、玉林等地的臭豆腐也颇有名气。
臭豆腐以优质黄豆为原料。制作工艺较为复杂，黄豆经过筛选、脱壳、浸泡、磨浆、过滤、煮浆、点浆、成型、划块、发酵等十道工序。呈贡臭豆腐质地软滑，散发异香。先人赞誉云：“味之有余美，玉食勿与传”。它不仅有很高的营养价值，而且有较好的药用价值。古医书记载，臭豆腐可以寒中益气，和脾胃，消胀痛，清热散血，下大肠浊气。常食者，能增强体质，健美肌肤。
不过臭豆腐虽小，但制作流程却比较复杂，必须经过油炸、加卤和发酵等几道程序。在整个制作过程中，要求一直在自然条件下进行，而且对温度和湿度的要求非常高，一旦控制不好，很容易受到有害细菌的污染，轻者会引发人体胃肠道疾病，重者还会导致肉毒杆菌大量繁殖，产生一种有毒物质———肉毒毒素。这是一种嗜神经毒素，毒力极强，曾报道过的臭豆腐中毒事件，就是由这种毒素引起的的。

如果在大街上臭豆腐店里看到这几种在馋也别去吃，首先看放臭豆腐的水是否黑得像墨水一样，如果太黑则不正常；其次闻豆腐表面是否味道刺鼻，如果刺鼻则是加入氨水；另外，掰开豆腐看一看，里面是否较白，如果色差大则质量不过关。

另外研究证明，豆制品在发酵过程中会产生甲胺、腐胺、色胺等胺类物质以及硫化氢。它们具有一股特殊的臭味和很强的挥发性，多吃对健康并无益处。此外，胺类物质存放时间长了，还可能与亚硝酸盐作用，生成强致癌物亚硝胺。