好氧处理技术
好氧处理的基本原理是利用微生物在好氧条件下分解有机物，同时合成自身细胞(活性污泥)。在好氧处理中，可生物降解的有机物最终可被完全氧化为简单的无机物。该方法主要有活性污泥法和生物滤池、生物转盘、生物接触氧化、序批式活性污泥、A/O及氧化沟等。
采用好氧技术对畜禽废水进行生物处理，这方面研究的较多的是水解与SBR结合的工艺。
SBR(sequencingbateactor)工艺，即序批式活性污泥法，是基于传统的Fill-Draw系统改进并发展起来的一种间歇式活性污泥工艺，它把污水处理构筑物从空间系列转化为时间系列，在同一构筑物内进行进水、反应、沉淀、排水、闲置等周期循环。
SBR与水解方式结合处理畜禽废水时，水解过程对CODCr有较高的去除率，SBR对总磷去除率为74.1%，高浓度氨氮去除率达97%以上。
此外，其他好氧处理技术也逐渐应用于畜禽废水处理中，如间歇式排水延时曝气(IDEA)、循环式活性污泥系统(CASS)、间歇式循环延时曝气活性污泥法(ICEAS)。
混合处理法
上述的自然处理法、厌氧法、好氧法用于处理畜禽养殖废水各有优缺点和适用范围，为了取长补短，获得良好稳定的出水水质，实际应用中加入其他处理单元。混合处理就是根据畜禽废水的多少和具体情况，设计出由以上3种、或以它们为主体并结合其他处理方法进行优化的组合共同处理畜禽废水。这种方式能以较低的处理成本，取得较好的效果。
厌氧-兼氧组合式生物塘作为主体工艺，将上流式厌氧污泥床移植到兼性塘，猪场废水经处理后，其BOD5、CODCr、NH4+-N可分别从9000、14000、1200降至20、60、65mg.L-1，成功地解决了热带地区规模化猪场污水污染负荷高和养猪行业利润低的两大难题。