1639年，蓟辽总督洪承畴调刘肇基至辽东，负责训练宁远诸营士兵。次年3月，清军围攻锦州，刘肇基奉命与宁远总兵吴三桂前往支援，双方互有死伤，清军退却。此后，他曾率士卒千余人救吴三桂于松、杏之间，却被诬以临阵退却，遭到解职，不过接替他的是名将王廷臣。

南明福王政权建立后，刘肇基自请从征效力，得加授左都督、太子太保衔。史可法督师扬州，命其率兵守高家集。1645年3月，清军包围扬州，史可法命附近驻军增援，只有刘肇基一支孤军赶到，入城守北门。城破之后，刘肇基率部400人与清兵死战，格杀数百人，但寡不敌众，最后全军覆没。
清朝乾隆年间，重修史书，嘉奖明末殉难武将，因刘肇基忠于明朝，特赐谥号为节愍。

十二年冬，蓟辽总督洪承畴请用为署总兵官，分练宁远诸营卒。兵部尚书傅宗龙稍持之，帝怒，下宗龙狱，擢肇基都督佥事任之。明年三月，锦州有警。承畴命吴三桂偕肇基赴松山为声援。三桂困松、杏间，肇基救出之，丧士卒千人。七月与曹变蛟等战黄土台及松山、杏山。九月，复战杏山，肇基军稍却。承畴甄别诸将，解肇基职，代以王廷臣。十七年春，加都督同知，提督南京大教场，及福王立，史可法督师淮、扬，肇基请从征自效。屡加左都督、太子太保。

顺治二年三月，大清兵抵扬州，可法邀诸将赴援。独肇基自白洋河趋赴，过高邮不见妻子。既入城，请乘大清兵未集，背城一战。可法持重，肇基乃分守北门，发炮伤围者。已而城破，率所部四百人巷战，格杀数百人。后骑来益众，力不支，一军皆没。副将乙邦才、马应魁、庄子固等皆同死。

乙邦才，青州人。崇祯中，以队长击贼于河南、江北间。大将黄得功与贼战霍山，单骑逐贼，陷淖中。贼围而射之，马毙，得功徒步斗。天将暮，仅余二矢。邦才大呼冲贼走，得功乃得出。邦才授以己马，分矢与之，且走且射，殪追骑十余人，始得及其军。得功自是知邦才。

时有张衡者，亦以骁敢名。贼围六安急，总督马士英救之。甫至，斥其左右副将，而号于军中曰：「孰为乙邦才、张衡者？」两人入谒，即牒补副将，以其兵授之，曰：「为我入六安，取知州状来报。」两人出，即简精骑二百，夜冲贼阵而入，绕城大呼，曰：「大军至矣，固守勿懈！」城中人喜，守益坚。两人促知州署状，复夺围出，不损一骑。
时颍、寿、六安、霍山诸州县数被寇，邦才大小十余战，咸有功。及可法镇扬州，携之行。至是战败，自刎死。