前三条上面解释了我就不说了。第4条提下个人观点吧:
有村线的话,是因为剧本已经改动了。你要知道理子是处于世莉架间接控制下的,而有村线(包括香月线)正是分歧在理子的第一次袭击处。在官方攻略书中,个人线分歧的点数叫做“好感度”。而世莉架引发New Gene再来事件有很大一部分原因是出自自身对拓留身边跟拓留关系好的人的嫉妒,这点可以在乃乃线跟乃乃视点小说得到证实(当然由于具体每条线情况不一样所以不能完全说相同就是了)。而有村线的情况可以说就是世莉架主要矛盾转移到有村身上,于是雏绘就被整了……实际上有村是在自己的个人线被拓留明确的告白了的,乃乃都没这待遇……
Uki线则是……拓留从妄想中醒来后已经没必要再接着弄事件了,已经提不起拓留的兴趣了,而且对于世莉架来说对乃乃跟Uki的报复已经很充足了。实际上TE里可以看到如果不是乃乃发现了世莉架的真身的话世莉架其实不想直接跟乃乃冲突把乃乃选做最后一个事件的受害者的。