定量资料转化为定性资料，统计分析P值增大

一个指标用于疾病诊断，该指标为定量（具体数值），根据ROC确定cutoff根据Cutoff分成阴性组（<cutoff）和阳性组（>cutoff）,及转化为了定性资料。亚组差异分析时，采用比较亚组间均数（定量统计分析，如t检验或者反差分析）和比较亚组间阴性和阳性人数分布（四格表，卡方检验，定性资料分析）。结果不一致，前者定量资料分析P值<0.05,差异有统计学意义，后者转化为定性资料后分析差异无统计学意义。
问题：1.为何两种分析不一致；2.在科研论文中该如何使用，又该如何得结论？