应用一、作为预防，治疗，通常都是对饲养水体下杀菌剂或杀虫剂。
治疗时要对病鱼药饲或打针，这些工作都必须的，但因为对水体下药了，为保持药效又不能频繁换水，这样必然损害到附于滤材上的硝化细菌。其过滤系统的生化功能大大减弱甚至失效了，对鱼的投喂饲料必须减量甚至停食，这又对药饲的作用大打折扣，影响对病鱼的类效果。
应用二、使用臭氧机来对饲养水体进行杀菌杀虫（臭氧机对一些虫害也起到杀灭作用）。
我认为，硝化细菌是俯于滤材生存而起到生化作用，而其他细菌及各种虫害都是随水流动的所以，使用臭氧机，只要把连接的气石放在过滤系统的清水仓中就行了。
应用三、大部分细菌（除硝化细菌外）及虫害在流经到清水仓时就会被溶于水中的臭氧所杀灭，然后这些水才通过潜水泵抽回到饲养缸内，这样可最大限度的减少对硝化细菌的损害，因而也可正常药饲（只要病鱼有食欲）。
应用四、利用臭氧发生器来对饲养水体进行杀菌杀虫，也有不错效果效果。使用臭氧机比对饲养水体下药要安全些，不过，这两种方法杀菌那种快速我没有作对比。当然，若鱼的伤病恶化到中晚期时，用什么方法杀菌也来不及的了。
应用五、利用臭氧发生器消毒时间控制
如作为保健预防的杀菌工作，可完全按其说明多大水体用多大规格的臭氧机启动多长时间来进行。每天一次，可连续一个星期。治疗鱼病时的水体杀菌，可按其说明所需时间的1.5倍甚至两倍，每天可使用两次，直至鱼病痊愈。