波黑于1990年底举行二战后的首次多党制选举,三个民族政党获胜,实行联合执政,总统伊泽特贝戈维奇是穆斯林。1991年10月,波黑共和国的穆斯林和克罗地亚族议员在塞族议员抵制的情况下宣布波黑共和国从南斯拉夫联邦中分离独立。对此,塞族人坚决反对,局势日益紧张。此后,在欧共体调解下,波黑穆斯林、克罗地亚族、塞尔维亚族三方就波黑边界不变、以三个民族实体为基础组成独立国家达成了协议。但是在新的国家国体问题上各方仍尖锐对立。穆斯林主张建立统一的国家,克族主张成立联邦制国家,塞族则主张组成松散的邦联制国家,并要求自己有权与塞尔维亚共和国结为邦联。
波黑穆斯林和克罗地亚族领导人为满足欧共体承认其独立提出的条件,于1992年2月29日至3月1日就是否赞成波黑为独立主权国家进行全民公决。这一公决得到穆斯林和克罗地亚族的赞成,但却遭到塞尔维亚族居民的坚决抵制。全民公决结果是赞成独立,波黑总统伊泽特贝戈维奇(穆斯林)认为,公决结果证明,共和国议会1991年宣布该共和国为主权国家是正确的。塞族领导人则指责这次公决不合法,任何对波黑“独立”的承认都会使该共和国的局势恶化。欧共体在3个主要民族未达成协议的情况下,号召共和园就独立问题举行公民投票,这实际上成为波黑形势恶化的导火线。1992年3月3日,波黑共和国总统伊泽特贝戈维奇正式宣布,波黑共和国成为一个独立的国家,希望得到国际的承认。他说,在公民投票中,虽有约占l/3的塞尔维亚族进行了抵制,但仍有63.4%的人投了票,其中99.43%主张独立。教堂惨案触发了对全民公决不满的塞族人的愤怒情绪,塞尔维亚的反叛活动从首都扩及到这个共和国的其他地区。