在官网看了一下官方解释，确定有次数限制5次，但是是3DS和NS之间的连携次数。而你一旦连上不解除连携。是可以随意传存档的。这也给我解惑了。
以下是官方原文：
モンスターハンターダブルクロス Nintendo Switch Ver.
3DS版からのセーブデータ移行と連携回数に関する注意：
3DS版とSwitch版でセーブデータを移行する際の連携回数には5回の制限がありますが、こちらはセーブデータの移行回数ではなく、「3DS⇔Nintendo Switch連携」の移行用パスワードを使用して、3DS本体とSwitch本体を連携できる回数のことです。
※現在までに連携を行った回数は「3DS⇔Nintendo Switch連携」の「連携した回数」で確認できます。
セーブデータを移行する3DS本体とSwitch本体の組み合わせを変更しないのであれば、連携を解除する必要はなく、セーブデータの移行も何度でも行えますので、使用する3DS本体とSwitch本体がそれぞれ1台ずつの場合は、連携を解除しないようご注意ください。
なお、Switch本体の「データ管理」からSwitch版のセーブデータを削除した場合、連携が強制的に解除されますので、こちらもご注意ください。