人受过度惊吓时理性思考会变得相对困难，但即便如此老板（厂长）的表现依然敏锐。我作为一个旁观者再梳理一下剧情好了，会比较长，部分内容为自己的推测，可能有错。

由于游戏里三次元性质的部分也在作者的设计之中，所以这里区分一下，下文中会出现的【原作者】为真正的游戏作者，【作者】为剧情中的游戏作者。

首先这个游戏设定有三个可攻略角色，而莫妮卡被排除在外，但是从人设角度莫妮卡无疑也应该与其它几个角色平起平坐（封面都是四个人一起）。这点我们可以联想到月姬里的五月和FSN里的依莉雅。而具体的排除原因就不得而知了。
然后与此同时，游戏内部存在一个bug，这个bug是游戏的制作问题还是作者故意为之我们也不得而知。这个bug位于【部长】这一身份之上，成为部长的角色会获得“得知游戏真相”和“部分篡改游戏程序”的权限。
从三周目badend路线沙世里的表现可以看出，这一权限对游戏角色来说是致命的诱惑。
莫妮卡通过权限得知自己是个游戏角色以及自己是非攻略角色的事实。游戏里的女角都中了必然爱上玩家的诅咒，当然也包括莫妮卡（联想到五月虽然没有个人路线但是也喜欢志贵），练钢琴也是出发自对玩家和同伴们的爱。
在权力的诱惑下，莫妮卡试图通过篡改程序来实现自己的路线。但是这一权限本身也很有限，毕竟不等于作者，莫妮卡能做的也只有更改角色性格之类的简单操作（比如沙世里的抑郁症，夏树和优里诡异的部分），加上自身能力的不足，不仅没能做到实现自己的路线，反倒把剧情搞得乱七八糟。
根据厂长在截图地址里找到的台词推测：一周目的最后，莫妮卡面对一发不可收拾的局面，发现了解决问题的捷径——将角色删除。于是沙世里变成了乱码。
从角色的诗中可以看出，其它角色对自己被莫妮卡修改性格、删除是有认知的。
二周目开始，不甘心的莫妮卡继续尝试创造自己的路线，剧情变得更乱，乃至游戏bug乱码层出不穷。没错，这些恐怖元素可以说全是莫妮卡“搞砸”出来的。也就是说，在老板（厂长）二周目被各种惊吓时，莫妮卡正如同一个完不成编程作业坐在电脑前抓耳挠腮的程序员（比如正在赶作业的我），然后实在搞不定只好尴尬地突然出现在选项框外面建议老板（厂长）先出去一下并对老板（厂长）道歉。老板（厂长）：“不要靠近我啊啊啊啊啊啊——！！！！”。心疼老板（厂长）的同时也顺便心疼一下莫妮卡，累死累活修改程序结果只会让玩家更加讨厌她。
二周目的最后，游戏已经被莫妮卡彻底搞砸，莫妮卡放弃了剧情，选择了删除所有其他人物强行二人世界交流。原作者在此处给莫妮卡安排了大量台词，据某些玩家剧透聊天最长可达四个小时，这其中有着大量让玩家删除莫妮卡的心理暗示。结果玩家必然要选择删除莫妮卡，否则游戏就进行不下去。
然后就如故事展示的，莫妮卡被删除后先是堕入疯狂，然后又冷静下来意识到了自己的错误。最终莫妮卡将游戏数据全部恢复，同时将自己从游戏中抹除。很显然莫妮卡在篡改程序之前就已经做好了备份工作，游戏原本的角色、性格设定、台词故事。莫妮卡自始至终都视其它角色为同伴，不会真正地删除她们。当然，莫妮卡自己的角色数据肯定也有备份，不然不可能被玩家删了还能说话还能进行恢复操作。
接下来就是结局分析。由于莫妮卡不在了，沙世里理所当然成为部长，于是也继承了权限。沙世里是有自己被篡改性格和被删除的记忆的，对莫妮卡的憎恨和对玩家的爱还有权力的诱惑让沙世里也堕落成了二周目的莫妮卡。而此时，莫妮卡并没有真正消失（上一段提到过有备份），而且拥有比沙世里更高一级的权限，看到和自己一样堕落的沙世里，莫妮卡对这个游戏陷入了绝望，于是将整个游戏删除了，最后的最后不忘将自己练钢琴的成果送给玩家。——bad end
（莫妮卡的cv是游戏制作团队里的人，具体是谁我不清楚，但是显然原作者已经将莫妮卡当成了制作团队里的成员之一，ed里的特别鸣谢将莫妮卡和玩家写在了一起，而且莫妮卡还有推特账号，注册于游戏发布前一年，至今仍在更新）
这里有个我知道的彩蛋，如果游戏一开始玩家就手动删除莫妮卡，沙世里同样会继承部长身份获得权限，但是由于没有经历那些事就直接看到了自己是游戏角色的事实，沙世里会承受不住上吊，直接进入一周目end。因此可以推测莫妮卡的精神力（替身）相对强大一些，但是这种压力也依然过于沉重，二周目最后的黑化和被删时的疯狂就是表现。或许最终反思自己错误时的莫妮卡才是她本来的性格。
然后是good end/true end，达成条件为在游戏崩坏之前通过不停存档读档的方法解锁全CG。剧情和三周目整体上差不多所以剧透一下也没啥了。区别在于沙世里因为看到玩家的艰苦努力被感化，放下了仇恨和诱惑，莫妮卡也因此认为这个游戏还有救而不会插手干涉。
这里还有一个彩蛋，我目前只听说过还没有见过。如果玩家在二周目最后删除莫妮卡之前备份了莫妮卡，在三周目时再把莫妮卡粘贴回去，莫妮卡会出来批评玩家虚伪然后再次消失。

结果来看莫妮卡差不多成了一个游戏里的亡灵，持有仅次于原作者的权限，时刻监视着游戏，而且还能发推特，发图，我的GIF签名还有这几张图都是莫妮卡在推特上发的礼物（所以应该算官方图而不是同人图）

不错

挖坟，如果是goodend结局咋了