总结（虽说不知道还有什么意义）零之时刻之前（2010年以前）的剧情：
新方舟事件后，美国政府一直在寻找前特工kyle，并希望解决掉他。
估计是在08年以后找到了kyle的踪迹（aya和kyle订婚在08年）。
由于aya和kyle都是知道新方舟事件真相的人，加上aya经历过曼哈顿事件（如果aya把警方为了混淆视听导致中央公园发生惨案的事捅出来，就出大乱子了），又具备超出常人利用线粒体的能力，加上她并不老实（PE2结尾显示她和卢帕特他们想揭露新方舟事件的真相），他们俩又没有家人（kyle也是孤儿，PE2里有），结婚时正好方便一起干掉。
aya这时候（FBI秘密部队，资料里有，hyde指挥着它）的上级hyde挖来了SWAT的Gabriel（第一章简介里去看，她很早就有加入FBI的反恐部队，并且熟识hyde，而且她干过类似的事），为的就是最后干掉aya（Cray和这帮人是不是一伙的并不是确定，但是通过第五章的资料，发现他很早就认识了aya和hyde，估计也不干净；Gabriel在大门外的目的则是司马昭之心——人尽皆知；另外百思不得其解的是：一晃而过的前田来干啥？）。
但是hyde也有自己的计划，就是利用这次刺杀，让aya和eve的精神碰撞创造高次种族（不然eve发动OD前他坏笑啥？）。

然后发生的事情各位都知道了，但是细节还想说说。
刺杀并不顺利，aya（这时已经是eve的精神了）不仅没死，还把来刺杀的SWAT都干掉了，然后不知道从哪里恍恍惚惚的爬了出去（肯定不是正门）。
hyde这时估计做贼心虚，没敢跟着，但是Gabriel和Cray打开大门假装来救人后只看见了倒地eve和重伤的kyle，hyde要的就是eve的身体变成高次种族，所以要离eve最近，继承了最强的能力。
eve的身体消失之后，hyde就去寻找aya了，发现aya倒在教堂外。于是顺理成章地在档案里写下：“在教堂外发现了浑身是血的aya。”

aya的精神就这么没了？no no no！
由于扭曲者的本能是捕食人类回到过去，可以推断，aya的精神作为扭曲者的母体，变成了大核心的queen（档案中推测其预备种的Mudflap：就是让我们恶心无数次的魔法师同志，具有利用意识体复活的能力，不知是在隐喻什么：PE2中作为aya复制体的eve？），通过培育巴别塔和扭曲者屠杀大量人类回到过去，去报复hyde（注意我用的是报复不是阻止，以后会解释原因）。

正常时间线中的aya（eve）被hyde“保护”（监禁）起来，由于本就不是aya的灵魂，hyde是很放心的。
之后麻烦就来了，未知的扭曲者打乱了hyde的计划，不“成功”的刺杀让他发现高次种族根本没有繁衍能力，而未来已经被扭曲者所占据，这样下去是吃枣药丸的。
hyde的新计划就是返回过去，在零之时刻独吞eve的身体，因为自己这时不能暴露，所以利用现在这个aya（eve）不断进行od作战，通过消灭同伴快速壮大巴别塔，在扭曲者势力于本时代达到最强之前（如果hyde这时再去抢巴别塔就是领便当的节奏了）让其具有进行od的能力，然后自己再把CTI全部干掉去抢夺巴别塔。

这场尔虞我的对决中，hyde最致命的错误在于：他自始至终都认为扭曲者只是出于本能而非有人操控地返回过去，关于女王的信息他都是敷衍了事（第三章已经能看出来hyde已经按耐不住了，一向谨慎的他开始暗示eve自己可能为敌人）。
但hyde应该是考虑过aya灵魂依旧存在的情况（只不过没想到她可能就是扭曲者的queen），在第三章看见eve身体的幻影后hyde的神色产生了明显的变化，却不是大惊失色，说明他是有准备的。
听到“伊莎贝拉”后，估计hyde松了口气，认为那无非就是Cray或eve曾经的记忆残影，不必放在心上。

kyle这段时间干啥去了？
倒着想就容易明白，kyle在最后知道aya身体里的是eve的精神，说明他知道aya有意识体，来源于之前的时间？不可能，只能是之后。
我们不妨直接假设：在决战过后，od回到过去的，不仅仅有hyde和eve的灵魂，也有aya、kyle、Gabriel、Cray和Blank这几个人的灵魂。
Kyle是这几人中唯一真心想帮助eve的。
aya的精神在最终战的女王战中利用eve对自己的odk潜入了eve的精神。为的是等hyde靠近eve后好（回到自己的身体）趁机杀掉他，同时也能消除其活动所造成的影响。这样Gabriel和Cray等人对自己（aya）的记忆就都会消失不见，他们之间再也没有任何瓜葛（这也就是为何eve最后的备忘录写道，他们互不认识），hyde这个人的记录就再也不见了（这是最恐怖的报复了吧）。
Gabriel等人之所以会协助eve，也是出于被hyde利用后就丢弃的愤怒吧。
话题回到Kyle，由上面的内容，我们不难猜出，kyle在受hyde控制的同时也和queen（aya）有联系，伴随起反复出现的eve幻影，就是queen（aya）为逐渐唤醒eve的记忆而干扰hyde的行动。

1代寄生前夜的危机由克拉姆博士和eve的合作而产生的。
2代的危机则纯粹是人类自己作孽产生的。
至于3代，更不用说。
aya最后让eve杀掉自己，与其说是防止扭曲者和高次种族的出现，倒不如说是单纯为了防止高次种族出现。经历了种种噩梦，aya想必已经厌烦了人世：从小见不到父亲，因为线粒体失去了所有的至亲，孤苦伶仃地长大。如此悲剧的结果还被别人用于“进化”，来到达他们的“顶峰和荣光”。aya在这时应该理解了十年前No.9和kyle对她说的东西（尽管kyle那时说这些话是为了稳住No.9），所以她才会毫不犹豫地指挥扭曲者去屠杀人类（不过她在抹杀掉hyde之后，这些人也不会死了），最终将身体让给了eve，自己选择了“解脱”。
如果以后真的出了第四次生日，反派是谁，应该有答案了吧……

欸呀沃！！这都能发现？！！
理科生表示已经败给lz了

顶上来

顶顶

楼主分析的好棒 认真看完了

非常有道理~