(1)切除了部分甲状腺，甲状腺的功能就不全了，如果病情再次复发，再次手术的话甲状腺的功能也将永 久性丧失。不易切除干净，假如切除不干净，那么复发率是极高的。
(2)手术治疗还极易损伤喉返神经，造成声音嘶哑，严重者不能发音讲话。容易造成永 久性甲减，需要终身服药。
(3)手术时甲状旁腺很容易被一并切除，挫伤或其血液供应受累时，都可引起甲状旁腺功能不足，引起常见的手足抽搐，严重病例还会伴随喉和膈肌痉挛，以至于引起窒息死亡。
(4)在甲状腺手术中因必须切断某些血管，造成甲状旁腺血供受影响或甲状旁腺的血液回流受阻出现淤血所致，常常会出现手足麻木等术后后遗症，后期康复是很难使其恢复正常的。
(5)甲状腺手术中要大范围的分离切口上下的皮瓣，这极易造成切口周围组织的水肿。特别是那些中老年妇女，因为皮肤比较松驰而且脂肪组织较多，故切口很容易水肿，甚至严重的话时会引起炎症感染的。
(6)甲状腺手术后颈部会留有一条明显的线样的疤。而疤痕反应的过程中会收缩牵拉创面附近的气管而造成吞咽时的牵拉感甚至会刺激气管引发咳嗽，这个也是手术后常见的并发症之一，针对这种情况后期是需要很长时间治疗康复的。