1、一种是按照作用、作用物、反应来分的6大类：
水解酶：如消化过程中的蛋白分解酶、脂肪分解酶等。
异化酶：催化同一分子里化学结构的重组。
合成酶：利用一种能量源促使两种物质连接在一起。
裂解酶：化学群催化裂解。
氧化还原酶：促进氧化还原反应。
转化酶：使化学群从一个原子转移到另一个原子。
2、另一种是简单3分法：
代谢酶：人体所产生，作用于血液、组织和器官之新陈代谢运行。
消化酶：将食物分解成可以吸收利用的物质。
食物酶：生鲜食物所含的酵素，与生食时被释放，作为该食物之分解消化之用。
常见的食物酶有：
脂肪分解酶：大多乳制品、坚果、油脂、肉类均含之。