软骨鱼纲下分板鳃亚纲和全头亚纲。板鳃亚纲分2个总目，12目，全头亚纲只有银鲛目1目。
一、板鳃亚纲 Elasmobranchii
Ⅰ. 侧孔总目 Pleurotremata （鲨形总目 Selachomorpha）
六鳃鲨目 Hexanchiformes
虎鲨目 Heterodontiformes
鼠鲨目（鲭鲨目）Lamniformes
须鲨目 Orectolobiformes
真鲨目 Carcharhiniformes
角鲨目 Squaliformes
扁鲨目 Squatiniformes
锯鲨目 Pristiophoriformes
Ⅱ. 下孔总目 Hypotremata（鳐形总目 Batomorphp）
锯鳐目 Pristiophoriformes
鳐形目 Rajiformes
鲼形目 Myliobatiformes
电鳐目 Torpediniformes
二、全头亚纲 Holocephali
银鲛目 Chimaeriformes