血浆中游离病毒RNA水平代表了一小部分感染性病毒和绝大部分非感染性病毒颗粒。感染性病毒和非感染性病毒颗粒比值高，则意味着病毒复制效率高。而有效的CTL应答和HIV-1抗体水平高时，该比值较低。
血浆病毒RAN水平可能不反应细胞相关的感染性病毒的治疗水平，在血浆病毒RAN水平被一直到低于可检测水平的病人中，这种细胞相关的感染性病毒认可再次上升。
血浆病毒RNA水平可能并不反映在其他部分和腔隙的病毒复制水平和动力学，如在淋巴结，中枢神经系统，和泌尿生殖道感染的细胞中。
不依赖血浆病毒RAN水平，合胞体诱导的病毒表型（X4病毒）与疾病进展有很强的独立的联系。
当黄病毒GB病毒C（GBV-C）与HIV共感染时，HIV复制被抑制，死亡率下降。
年龄，性别，HLA基因型，个体免疫状况不同，可能造成病毒复制水平的不同。
总之，这些隐私可在部分程度上解释血浆病毒RNA水平相似的病人为何进展不同，也说明了用血浆病毒RNA水平作为评价疗效和临床结局的唯一指标的局限性。