抗倭援朝
从万历二十年（1592年）到二十七年（1599年），朝鲜遭到日本侵略，王京陷落，八道失陷七道，仅靠近明朝边境义州一带尚存。朝鲜危急，请求明朝援助。朱翊钧鉴于唇亡则齿寒，决定派兵到朝鲜，援朝抗倭。这场战争时断时续，前后进行了七年多。最后，日本因丰臣秀吉去世，将侵朝日军撤出朝鲜，明军战胜而归。

平定播州叛乱
万历十七年（1589年），播州（遵义）宣慰司使杨应龙发动叛乱，明神宗派兵平叛。这场战争时断时续，一直到万历二十八年（1600），最后的结局是明军八路进兵，四月告捷，平息了杨应龙之乱。

平定宁夏叛乱
万历二十年（1592年），哱拜和哱承恩父子在宁夏银川反叛（哱拜是蒙古鞑靼部人，降明以后做副总兵。他的儿子叫哱承恩，承袭父爵，做了指挥使）。
明神宗果断决定平叛。派去平叛的军队攻打了几次都没有取胜，万历又派李成梁的儿子李如松为总兵，率军平叛。李如松派人决黄河水灌城，乘势攻城，一举平息了哱拜之乱。