建议方案：由于税收征管的要求导致项目申请主体（总公司）和实施主体变更（分公司），在总公司向相应的支出未来无相应的收入，收入成本不匹配；在分公司，该项目实际发生的支出计入总公司账上，明显不合理，针对前期已经发生的支出，可以做如下处理：
（1）已经完成的事项，如已经购买的材料并在项目上使用，总分公司可以采取转卖的方式,；
（2）已经签订合同未执行完毕的，将合同义务概括转移给分公司，已经开票部分，采取转卖的方式；如果发票未开具，合同权利义务的概括转让；
（3）合同完全未执行，合同作废，由分公司与供应商重新签订；不适宜作废的采取合同权利义务的概括转让。