乳糖不耐症的症状取决于摄入乳糖的量。摄入量越大，症状就会越明显。乳糖不耐症的症状会在饮用牛奶或食用乳制品后数分钟至数小时内发生。
乳糖不耐的人并非一旦摄入乳糖就会出现腹泻等不良反应，而是当摄入超过一定“安全量”后才会出现反应，而“安全量”的大小则因人而异。比如虽然日本人九成以上有乳糖不耐，但大多数人可以每天喝200毫升的牛奶而没有任何不适。下表列出了乳糖不耐受的主要症状：
•恶心
•腹部疼痛、痉挛和腹胀｢症状同肠绞痛，很难区分｣
•稀便，屁多｢屁多同样是同肠绞痛症状｣
•水泻，屁多