1、断趾编号法
适用对象：出生≤7天，脚趾完整的幼仔。
编号方式：小鼠腹部面向操作者，小鼠左下、右下脚趾依次标记为1~10号，左上、右上脚趾依次标记为20~90号。剪断相应的脚趾则代表对应的号码，逢整百数不做标记。（如：83号小鼠标记为剪断对应的80号脚趾和3号脚趾。100号小鼠标记为所有脚趾完好）

注意事项：
断趾时，应剪断其一段趾骨，不能只断趾尖，以防伤口痊愈后辨别不清。
2、染色法
适用对象：短期试验的大小鼠
编号方式：用毛笔将苦味酸（3%-5%黄色）或中性红（0.5% 红色）涂在动物的不同部位，各个部位所表示的号码如图所示。用黄色表示个位数，红色表示十位数。

注意事项：各种染料颜色持久性不强，要及时补充标记
3、耳缘剪孔法
适用对象：大鼠
编号方法：用耳号钳耳上打洞或用剪刀在耳边缘上剪缺口，左耳为十位右耳为个位，所表示的号码如图所示。

注意事项：超过小鼠的某一周期耳洞或缺口可能长好。此外，如果同窝小鼠打架可能撕裂耳洞和缺口。所以，定期检查耳朵以此确保动物仍能被准确的辨识很重要。