南方诸国和神盟又是另一种情况。
在黑铁时代的大围攻中,神盟最后的根据地征服者之链遭到了长时间高强度的攻击,在这种情况下,神盟设立了‘入侵对应枢机委员会’,专门用来制订遭遇入侵时的反应政策,争取以最快速度和最小代价达成防卫目标。这个委员会最终愈发的去宗教化和专业化,最终除去委员长和监察长以外,基本上全是职业的参谋了。同时,这个部门和红冠修会的诸多分离派系中那些还留在神盟里的也有着高度紧密的联系。大概在600年前,这个部门被重新命名为总参谋部——一个专门制订各种战役计划的班子。
整体上来说,总参谋部在复兴历以来的各种光复行动中所发挥的作用比先前的防御方案还要大,帮助神盟军队高效的协同作战快速扫清了很多割据势力。
在部队编制上,神盟将部队分为军,师和团三个层次。这些编制往往较小且较为灵活,可以便利的拆解和重组成集团军和战斗群,来作为战术层面上实际投入的最大单位来使用。战斗群/集团军指挥官是监察长,其下各层领导,从仅次于监察长的执行长再到底层的十夫长,按照军衔高低形成指挥链。
处于神盟意识形态上的本质原因,战斗群/集团军还设有随军裁判长的职位,来确保部队的虔诚和忠实。为了保证这种监督的有效性,所有的随军牧师和神职人员都是同时向上层军官和神盟中央的有关部委进行负责的。近些年来,随着神盟摊子的越铺越大,漫长通讯距离导致的不了解使得随军监视人员和总参谋部与军事指挥层之间冲突不断,尤其是那些本身就兼任高阶教职的指挥层,更乐意抛开这些限制独自出动。对此通天山会议在讨论设置大区参谋部的必要性,但是总参谋部对此表达了强烈的反对。