gRNA通过碱基互补配对和目标序列结合后，会招募核酸内切酶Cas9对结合的序列进行切割，导致DNA双链断裂，细胞随之利用非同源末端连接（NHEJ）和同源重组修复（HDR）对双链DNA进行修复。
非同源末端连接是一种易错易突变的修复途径，容易导致断裂位点插入或缺失数个碱基，从而引起目标基因移码突变或提前终止；
同源重组修复则需要引入外源修复模板，实现精准的基因插入和替换。