扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，长期处于阻塞，分泌物引流不畅，导致干酪样物积聚，致不易溶解的钙、镁等无机盐沉积而成结石。其核心可为小异物、脱落的上皮细胞或细菌等。在有纤毛菌丝的周围亦常可发生结石。
扁桃体结石只有采取手术的方法才能够取出来。如果怀疑患有这种疾病是不能上网胡乱咨询，也不能胡乱治疗的。应该及时到当地正规医院耳鼻咽喉科就诊检查确诊，由医生根据实际病情选择采取手术的方法治疗把结石取出来。