万历、天启年间已经有中小规模的起义爆发，可视为明末农民战争的前奏。
万历十六年，刘汝国在安徽太湖宿松起义，自称'济贫王'（另说'顺天安民王'），铸铜印大书'替天大元帅'，'就富民箱囷，招徕饥民共食之。饥民随者数万人'。
万历二十七年，白莲教徒赵古元在徐州起义，其徒众宣传'世道之将变，尊古元为真人'。
万历三十四年，南京有无为教徒刘天绪等人密谋起义，刘天绪'自称为辟地定夺乾坤李王'，又自号为'龙华帝主'。
天启二年，山东白莲教徒徐鸿儒起义，攻克郓城、邹县、滕州、峄山等县城，并计划'中截粮运，北达神京，为帝称王，改元建号'。同时河北景县于弘志等起义响应。
天启四年，安徽颍州，砀山以及河南永城一带，有杨桓、杨丛儒密谋起义，'啸聚徒众，私相部署，伪称懿德元年'。

明末农民战争的起点是天启七年陕西澄县农民起义，但明末流贼之祸起于萨尔浒之战，辽东四路进兵，三路大溃，援辽兵丁不敢归伍而落草，而边地亢旱四载，颗粒无收，饥军饥民强半从贼，遂难收拾。
陕西澄城土瘠赋重，'四远之民，望澄以为苦海'，
在天灾人祸的摧残下，天启七年二月，当地农民杀死知县张斗耀，澄城农民抗粮杀官的消息传开，轰轰烈烈的明末农民战争就自此爆发了

延绥逃兵，陕西清涧人王左挂（王子顺）招集'骑贼万人反于宜川之龙耳咀'。部下头目有苗美、飞山虎、大红狼等人。
王左桂、苗美同农民军首领'混天王'等率众攻韩城的龙门渡，明防兵三百人应战，明千总王佐和百户刘爵战死。后遭明督粮道洪承畴和陕抚中军官李满仓等的袭击，北赴青涧。
王左挂于三月进攻真宁，至耀州，为明守军所败，逃匿深山。数日后复出真宁，进逼三水，明游击高从龙御却，王左挂退入马兰山中。
王左挂四月率领农民军再攻耀州，明督粮道洪承畴聚合明兵和乡勇万余人，分列十二营，包围王左挂军于云阳。夜间王左挂乘机突围，走入韩城的神道岭。

华山白莲或无为教徒张南峰借修华山庙聚众反明，国号大侯永丰，改元金斗元年，以苗光臣为军师，其余人员按品级发给铜印，约定三月起兵。有人向陕西巡抚刘广生告发，由长安知县孙云杰派兵捕获。

'点灯子'赵胜（赵四儿），原清涧县书生，在清涧县石油寺日夜读书，有人讹传他夜间点灯于孤寺，像平话描述黄巢一样造兵书谋反，赵胜无以自明，于是在解家沟花牙寺聚众起义，转战于延安、韩城、宜君、雒川和山西沿河州县。

张献忠一说军籍延安卫柳树涧人（另说为陕西肤施人），年轻时随父贩枣，被士绅鞭辱其父，献忠在旁，誓云“我后来时尽杀尔等，方泄吾恨”。时王嘉胤作乱，献忠投之，号'八大王'，又号'黄虎'。
另说陕西延安人罗汝才与献忠同起，号'曹操'。

崇祯三年，洪承畴升任延绥巡抚，刘应遇升任甘肃巡抚。明廷根据杨鹤的奏请，起用前总兵杜文焕，“督延绥、固原官兵三千便宜抚剿”。
明游击曹文诏随袁崇焕入卫京师，迁参将，加都督佥事。明廷擢为延绥东路副总兵，往“剿”农民军。

明兵部尚书梁廷栋请拜杜文焕为大将军，领山（西）、陕（西）、临（洮）、宁（夏）四镇兵攻河曲农民军，命道臣叶廷桂、白贻清监军。杜文焕领兵一万人与副总兵曹文诏至河曲，农民军坚守，明军露宿雪中，不能强攻，于是采用断绝农民军粮道的办法来进行围困。
明兵部移保定总兵尤世禄于山西，攻河曲农民军。王嘉胤派农民军三千人至方裕岭，与尤世禄军相遇，大败明兵于樱桃镇，明将白雄被打死，虎大威、尤胜龙等重伤，而尤世禄虚报首功。尤世禄攻平阳农民军，上天猴（刘九思）等率农民军还陕西。
陕西大饥，山西为阻止农民军过河，断渡闭籴，以致陕北米价腾贵，斗米六钱。清涧、延长、绥德等县饥民流亡瘠死，米脂人“从贼者至半”。

当时陕北农民军的支系，据《绥寇纪略》记载：“当秦寇发难，延绥以北为逃兵，为边盗；延绥以南为土寇，为饥民。
边盗则神木之王嘉允，靖边之神一元为魁，而支蔓于绥德之不沾泥，庆阳之可天飞，延安之郝临庵、镇原之红军友也。
土寇则西川之王左挂、苗美，清涧之点灯子为魁，而支蔓于中部之李老柴，延州之混天猴，保安之独行狼也。”
《怀陵流寇始终录》归结为四大支：“时西安北有大贼四：河曲王嘉胤、保安神一元皆攻城破邑；回贼、土贼剽掠鄜州、雒川间。”
其中王嘉胤一支被明廷称为东路“流贼”，神一元一支为西路“流贼”。

崇祯三年十一月，延绥镇边兵神一元自辽阳逃归，聚众三千人，于十二月初一袭破新安边营，收集该营兵民进攻宁塞，城中人开门迎纳。神一元杀明参将陈三槐，又攻柳树涧堡，堡中饥军饥民迎入。农民军攻克宁塞营，围靖边三昼夜，李若梓固守未破。
杜文焕在河曲同王嘉胤作战时，听到宁塞被农民军攻下，家口多死，令曹文诏攻城，自往宁塞。神一元随即弃宁塞进占保安县。
崇祯四年正月，明副总兵张应昌、左光先进攻保安，神一元和高应登等首领战死。神一元其弟神一魁被推举为首领，继续统领这一支农民军与明军作战。
神一魁约河套蒙古部落千余骑到保安共击明军，大败明军。蒙古部落进保安城后，“大掠而去”，神一魁只好弃城南走，率领数万农民军去攻宁夏，击溃明都指挥使王英部队，明总兵杜文焕和贺虎臣不能抵挡，各自退兵。

随着神一魁受抚，不少农民军也纷纷受抚。
延庆道周日强招抚了刘五（刘道江）、刘六（刘道海），将他们安插在铁角城，又招抚了环县白柳溪等。
雒川知县刘三顾招抚了独头虎等。
'点灯子'赵胜五六千人也曾在清涧受抚。
榆林道张福臻招抚了一字王等数百人，豹一等千人，金翅鹏、过天星等数百人，满天星、金龙、强虎、钻天鹞、云交月等大贼八十五人，党目贺得清、刘诏等一千五百余名，余党二三万人随地解散。一度受抚的还有郝临庵、刘五和谭雄等。招抚后解散的农民军有十几万人。

好惨淡，默默更了一天，都没人回复的。

王嘉胤正月曾率众进攻菜园沟，失利退回，固守河曲，与明将曹文诏对敌。王嘉胤在明将曹文诏、李卑、马科、曹变蛟、艾万年等进攻下，经过激烈战斗，于四月退出河曲，向东行进。明大同巡抚调兵阻击，王嘉胤又率领农民军转向晋南一带发展。
上天猴二月由山西返回陕西后，驻扎在宜川、雒川、鄜州等地，被明将张金昌、赵大胤袭击于梁家岭。四月，上天猴在甘泉与明总兵王承恩军作战。五月擒获宜川知县于云岩，挟入县城。上天猴令城民三户供养一个农民军。明总兵王承恩率兵来攻，上天猴领农民军由澄城南至宜君县的金锁关，杀明都司王廉。在明军合击下，上天猴败走。
'不沾泥'张存孟率农民军于四月进攻米脂、葭州。明榆林道张福臻调总兵王承恩，副将侯拱极，都司艾万年、唐通等至葭州王家庄，洪承畴和总兵张应昌也领兵到达。不沾泥分农民军为两营，连战两日夜后退走。明军追至西川双湖峪。峪中有天险窑寨六十四处，明军处处堵截。最终不沾泥只领二十七骑过河。不久，受“抚”于明延抚张福臻。

而于此同时，由陕西进入山西的农民军得到大量山西贫民加入。
“盖晋土自天启初年以来，无岁不灾，而去年尤甚。重以沿黄之派，急于星火，转运艰难。。。。。民间所费实已不止百万。有司但顾考成，新旧并催，鬻子卖妻，剜心敲髓，民之皮骨已尽。今春雨未沾（指朝廷分文不予救济），风霾日异，人心汹汹，朝不保夕。。。。。斩揭四起，势所必至。”
“始之寇晋者，秦人也，今寇晋者，半晋人也。二三月间，从贼者十之一，六七月而从贼者十之三，至今冬而从贼者十之五六矣。”