首先分子体积就有不同的定义。并不是严格的唯一确认的可观测量。
计算的角度，首先下个定义。通常在气相使用电子密度0.001 a.u.等值面作为分子van der Waals表面，凝聚相使用0.002 a.u.等值面作为van der Waals。
然后对这种定义下的表面内部体积积分即可。常见的有Marching Tetrahedron算法，Monte Carlo算法等。