如果说《山海经》是本地理书，能解释南山经，基本这个结论就成立。但也就是南山经在地理上问题最多。我们知道山经的三座山系，没有一座山的河流流入长江。说明这三座山都在长江以南，而且很靠南边，那问题就来了。
首先，第一山系鹊山山系链接西海到东海，但只有2950里，而第二，第三山系东西两边都没连着海，而是一直向东，却有7000里。那么，他们到底是怎么个顺序？从南往北，还是从北往南，还中间有交叉，甚至平列？
按照中国现在的地图这三座山系从南往北排列，在距离上讲得通。比如，第一座山系，如果他从广西开始数，到广东连着海边，而且要假设西海在云南附近，这样距离最短，而北边的两座山系东西距离7千里说的通。但看原文，南次三经中间有多座山有河流往南入海。这就又把人搞糊涂了。难道北边的山下的河流穿过两座山系入南海？可能性不大。
但如果按照从北到南排列。这样南次三经的山下河南流入海就说得通。但山系总的距离又解释不通。
第二，为什么南次三经中前几座山有河流往南流，却流到渤海？这里的渤海是我们现在的渤海吗？为什么不写流入南海？
第三，纵观《山经》部分，北海，西海，东海都有山连着，也有很多河流流入。偏偏没看见那座山连着南海，也没有河流流入南海，除非南次三经中有几座山下的河流南流入海指的是南海。
如果能把南山经解释清楚，其实西海，东海和南海的位置也就大致清楚了。那剩下的问题就是如何解释这里的西海和西山经中的西海的问题了。