1、有机奶粉和配方奶粉最大的区别就是它们的来源不同，确切的说是他们在生产加工时食用的牛奶来源于不同的奶牛，有机奶粉所使用的奶粉来源于有机乳牛，这种牛从出生到长大，必须在自然环境中生长，而且要遵守自然生长规律，而配方奶粉所使用的牛奶，多是人工养殖奶牛产出的牛奶。有机奶粉在原料采集和加工过程不含任何的添加剂，不含农药和化学肥料，不含抗生素及人造荷尔蒙，非基因改造，100%纯天然。有机奶粉的加工过程采用的是物理冷却的方法，最大限度的保存了原奶粉的钙和蛋白质及其它的营养成分。
2、DHA的含量不同也是有机奶粉和配方奶粉的重要区别，因为dha是有机奶粉中最重要的存在，它的含量特别高，对维持人类身体健康有极大的好处，但普通牛奶生产出的配方奶粉中，这种物质的含量却比较低，在有些时候根本无法满足，人体正常发育，是对这种微量元素的需要。有机奶牛的生长过程符合生物自然法则，和普通奶牛相比，其产出的牛奶富含天然营养成分，如矿物质、铁质与维他命等。