深圳坪山综合保税区由深圳出口加工区转型升级而来，规划面积1.91平方公里。
综合保税区和自贸区一样，是我国目前开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最简化的特殊开放区域，综合保税区是海关特殊监管区域的最高形态。海关参照有关规定对综合保税区进行管理，执行保税港区的税收和外汇政策，集保税区、出口加工区、保税物流区、港口的功能于一身，可以发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务。根据现行有关政策，海关对综合保税区实行封闭管理，境外货物进入综保区，实行保税管理；境内其他地区货物进入综保区，视同出境。