氟离子半径极小，很轻易就可以穿过细胞膜，因此渗透极快，氟化氢对衣物，皮肤，眼睛，呼吸道，消化道粘膜均有较大刺激和腐蚀作用，氟离子进入血液或组织可与其钙镁离子结合，会使其成为不溶或微溶的氟化钙和氟化镁，量大的危害是可以直接堵塞血管，并可直接或间接影响中暑神经系统和心血管系统的功能，导致低血钙，低血镁综合症，氟离子还可以和血红蛋白结合形成氟血红素，抑制琥珀酸脱氢酶，至氧合作用下降，影响细胞呼吸功能。此外，氢氟酸可致接触部位明显灼伤，使组织蛋白脱水和溶解，可迅速穿透角质层，渗入深部组织，溶解细胞膜，引起组织液化，重者可深达骨膜和骨质，使骨骼成为氟化钙，形成愈合缓慢的溃疡。如吸入高浓度氢氟酸蒸汽或者经皮吸收可引起化性肺炎肺水肿疾病。