国内堆肥的一个误区，就是认为堆肥必须添加微生物菌剂才能完成，当然这很大程度上都是各种营销号的功劳。但是我们看其他国家（如美国、澳大利亚）官方出的堆肥教程，没有推荐使用微生物菌剂的。因为堆肥添加微生物菌剂在科学重复性的证据是不充分的，也就是说微生物菌剂无法真正证明其有效性。
为什么说堆肥添加微生物菌剂没有作用？因为堆肥不是靠一种或少数几种微生物就能完成的，而是数千种微生物协同作用的结果，这些微生物在堆肥原料中是大量存在的。而我们看市面上的微生物产品，基本就只包含少数几种微生物，其中销售最为广泛的EM菌其真实成分也就乳酸菌和酵母菌。如果将原材料灭菌，然后使用微生物菌剂在一个密闭空间堆肥，堆肥原料是不可能完全分解的，也就是说少数种类的微生物无法完成堆肥。相关研究论文也显示，使用EM菌对堆肥的进程及最终的品质都没有任何影响。
然后想要很好的完成堆肥就需要理解它的核心原理，前面说了堆肥是靠数千种微生物的协同作用完成的。想要加速堆肥的进程就需要尽可能多且快速的繁殖微生物，以达到有机质的快速分解。而微生物其实像人类一样，它需要合适的食物、水分及氧气，满足这几个条件，堆肥就是自启动的。
从商品有机肥的角度来说，堆肥的方式必须是高温堆肥，因为必须将其对使用者和土壤的风险降到最低。未经过严格高温堆肥的有机肥一方面对人会有致病的风险性，因为原材料可能会有恶臭气味散发，有多种致病菌（如大肠杆菌，沙门氏菌），还可能会招致蚊蝇虫卵等等；另一方面会造成土壤肥害，最常见的就是导致烧苗，作物病害等。高温状态下，可以有效消灭掉各种致病菌，也可以将原材料有效转化达到无害化。当然个人堆肥如果不考虑以上风险，堆肥的方式是可以多样化的，可以随意堆肥。
高温堆肥也叫好氧堆肥，因为这个过程主要是靠各种好氧微生物完成的。能达到高温的关键在于原材料的碳氮比，水分及氧气。材料的碳氮比需要维持在25：1到30：1之间（不同材料的碳氮比可以在网络搜索到），水分要控制在60%左右，在堆肥过程中需要适时的翻抛以增加氧气含量。然后要达到高温状态，堆体的大小要尽可能大，堆体小则要做一些保温措施。
高温堆肥大致会经过三个阶段：起温阶段、高温阶段、降温阶段。每个阶段发挥作用的种类差别都是巨大的，起温阶段主要由嗜温性微生物发挥作用，随着有机质的分解，堆体的温度会逐渐升高，达到40℃以上就转变为嗜热性微生物发挥作用，堆体最高温度会达到60-70℃，这时候就需要进行翻抛，翻抛目的是将原材料均匀充分分解；待有机质分解充分，堆体的温度会逐渐下降，这个时间段又会转变为嗜热性微生物发挥作用。所以可以看到，堆肥的完成是多阶段，多种微生物协同作用的结果，至于微生物菌剂能不能发挥作用，答案很明显。