集装箱船在航行时需要持有一系列的证书，以确保船只和船员的安全以及满足国际航运要求。这些证书包括：船舶国籍证书、船级证书、船舶安全管理证书、国际船舶及设备安全证书、航行证、装载计算书、货物装载证书等。这些证书的颁发和管理由各国海事管理机构负责，需要符合国际海事组织（IMO）和国际劳工组织（ILO）等国际组织的要求。