如果摩托车合格证丢失，可以携带身份证、行驶证和车身上的车架号到车管所申请开具摩托车合格证挂失证明。证明中会提及车辆品牌、型号、生产日期、发动机号等信息，作为申请换领合格证的依据。在重新申领合格证时，需要缴纳相应的费用，并进行车辆检测和核实。