阴极和阳极之间的最佳距离大约为2-3厘米，这样可以有效地利用电化学除垢机产生的化学反应和气泡，把工作电极周围的污渍去除干净。阴极是供电的引导者，而阳极是电化学反应产生气泡和除垢产物的排出者，当他们之间的距离太大时，反应剂在阴极和阳极之间就不会迅速传输，也不会产生很多的气泡，从而影响气泡的除垢效果。如果阴极和阳极的距离太小，除垢液可能会滴入电化学除垢机，从而破坏电化学除垢机。