NieR-Re[in]carnation
以被称作「牢笼 Cage」的异世界作为舞台，整体给人的印象比以往更加充满了未知感。
在不同路线中展开的少女与其他角色的短篇故事。
游戏的故事将以章节的形式构成，每一章的世界会通过散布在牢笼四处的类似黑色稻草人的东西触发进入，随后再依次解锁四个小节的故事。
每个黑色稻草人都承载着一把武器以及与这把武器相关的故事，所体验到的便是与这把武器相关的故事。
在稻草人世界中，所能操作的将不再是少女，而是武器故事中所描写的人物。牢笼中收录了不同时代、不同人物、不同场所的各种故事，游戏画面也如同绘本一般，非常值得仔细品味。
在绘本的世界中，会遭遇到被像是被黑色鸟类附身的敌人。正是这种黑色的敌人让绘本的世界出现扭曲，只有通过战斗将它们打倒才能修复这个世界。
将扭曲的部分修复之后，就算完成了当前的章节故事，会从稻草人世界返回牢笼，然后对应的武器故事也将解锁。
修复稻草人世界后，武器故事将得到解放，稻草人也会从黑色变为白色。
所有武器都将包含常规武器故事，随从以及记忆也会有对应的小故事。

白い少女
在这个异世界中最开始见到的，是一位从牢笼中苏醒的少女。她身上的项圈和绷带十分引人注目，这其中一定蕴含着什么秘密……
发现自己倒在牢笼石头上的少女，似乎每晚都在经受噩梦的折磨。

ママ
怀着不安和迷惑继续前行，会发现少女身旁出现了名为「ママ」的奇妙生物。「ママ」将一直陪伴在少女身旁，指引她前行。据妈妈所说，目前少女遗失了许多东西，而为了取回这些失物，她必须朝着牢笼的上层以及更深处前进。
「ママ」对于牢笼的了解似乎也还不够详细，看起来并不是非常可靠……

黒き怪物
漆黑怪物在牢笼中徘徊的迷之存在。外形看起来既像身穿铠甲的骑士，又像是不会说话的虫子。它们似乎也在为了某个目的而行动着……