求助基因组平均测序覆盖度怎么计算

基因组平均测序覆盖度是指在一定区域内（例如，100K）重复次数最多的序列的比例。计算方法如下：利用测序技术，将每个样本测序序列数（k-mer）计算出来。将每个样本的k-mer与整个基因组的k-mer进行比较，计算差异率（differencerate）。将差异率与预设阈值（通常是50）进行比较，如果大于阈值，则认为该样本重复了足够多的次数。计算每个样本的平均重复次数，即为该样本的基因组平均测序覆盖度。