发酵工程和传统发酵技术的最大区别是于前者是基于科学理论和现代技术的综合应用，可以精确控制发酵过程中的温度、湿度、氧气含量等参数，提高产品的产量和质量。而传统发酵技术则更多地依赖于经验和传统的工艺方法，控制难度和稳定性较低。