通常情况下，遵守使用规则用经颅磁治疗仪进行治疗没有副作用；如果没有遵医嘱使用或者当颅脑存在植入物时使用，就可能出现副作用。
1.没有副作用：经颅磁治疗仪的微电流产生磁场信号后，可以直接透过患者颅骨，它主要是通过微电流刺激来治疗失眠、抑郁等病症。该方法治疗疾病，通常不会对患者的身体产生创口，也没有明显的疼痛，也不会形成依赖性。因此，按照使用规则使用经颅磁治疗仪，通常是没有副作用的。
2.有副作用：如果在使用该方法治疗疾病期间，如果没有按照相关的规则进行，可能会因操作不当或不对症而导致患者的软组织损伤。此外，如果患者在头皮附近放置或佩戴了金属异物，或者颅内有金属植入物、人工耳蜗、脑起搏器等，因为这类高电导率金属导体的热作用，可能会导致机器损坏，进而引起局部损伤。这种情况下，通常就是有副作用的。