汽车大水箱和小水箱的区别在于其容量大小。大水箱容量较大，可以存储更多的冷却液，适用于长途行驶或高温环境下的使用。小水箱容量较小，适用于城市短途行驶或气温较低的环境下使用。同时，大水箱的散热效果也更好，可以更好地保护发动机。